Перша присутність Суверенного Мальтійського Ордену на теренах України сягає XVII ст. В той далекий час останній із роду князів Острозьких – Януш, католик за віросповіданням, 1609 року заснував на користь своєї доньки Єфросинії, одруженої з Олександром Заславським, майорат. Якби рід перервався, майорат мав бути перетворений на Командорство Мальтійського Ордену. Але всупереч заповіту князя Острозького й незважаючи на численні протести з боку керівництва Ордену цей майорат перейшов наприкінці XVII ст. у власність князів Сангушків.

Залагодити справу вдалося лише у другій половині XVIII ст., коли спеціальний уповноважений Ордену звернувся з відповідним клопотанням безпосередньо до російської імператриці Катерини II. Зрештою на українсько-білоруських і польських землях, які після поділів Речі Посполитої відійшли до Росії, було засновано Велике Пріорство Мальтійського Ордену. Незабаром Ордену передали ще й усі маєтності єзуїтів у Польщі.

У сучасній незалежній Україні Мальтійський Орден присутній із грудня 1990 року, коли в рамках зимової гуманітарної допомоги з Німеччини розпочала свою діяльність Мальтійська служба допомоги (МСД). 23 лютого 1993 року за ініціативи керівництва Суверенного Мальтійського Ордену та Німецької Мальтійської служби допомоги було зареєстровано Благодійну організацію “Мальтійська служба допомоги у Львові”.

З часом осередки Мальтійської служби з’явилися в Києві, Івано-Франківську, Берегово, Мукачево (пізніше об’єднаний з брегівської службою допомоги), Луцьку (в подальшому припинила свою діяльність).

Паралельно з Німецькою Мальтійською службою допомоги, важливим напрямом діяльності Мальтійського Ордену в Україні стала гуманітарна допомога Лічниці Шептицького у м. Львові, яку з 1990 року і донині надає Флорентійська Делегація Великого Пріорату Риму Мальтійського Ордену. Лише з 1992 по 2002 рік до Львова було доставлено 27 різноманітних гуманітарних вантажів, в переважній більшості медикаменти та медичне устаткування.

Важливим етапом діяльності осередків Мальтійської служби допомоги стало об’єднання 14 червня 2013 року в одну структуру – Мальтійську службу допомоги України (МСДУ). Метою заснування МСДУ є втілення в життя гасла Ордену «Збереження віри і допомога потребуючим», формування у суспільстві духу християнської любові до ближнього.

На сьогодні Мальтійська служба допомоги України – це добре організована і консолідована структура з штаб-квартирою у Львові, яка налічує сотні волонтерів, десятки професійно підготовлених рятувальників, реалізує велику кількість соціально-гуманітарних проектів спрямованих на допомогу найбільш незахищеним верствам населення. Найважливіші центри МСДУ діють в Івано-Франківську, Берегово, Львові. Через свої підрозділи і партнерів у Харкові, Запоріжжі, Одесі, Вараші, Южноукраїнську, Кам’янці-Подільському, Києві надається гуманітарна допомога близько до лінії фронту, тим людям які знаходяться під постійними обстрілами, а також внутрішньо переміщеним особам.

9 лютого 2008 року між Україною і Суверенним Мальтійським Орденом установлено дипломатичні відносини на рівні послів.

В Києві діє Посольство Ордену, а в Римі Посольство України при Мальтійському Ордені.

16 квітня 2008 року Фра Метью Фестінг, Князь і Великий Магістр Мальтійського Ордену, призначив Пауля Фрідріха фон Фурхерра першим Надзвичайним і Повноважним Послом Суверенного Військового Ордену Госпітальєрів Святого Іоанна Єрусалимського, Родосу і Мальти в Україні. 21 листопада 2008 року відбулося вручення вірчих грамот Президентові України Вікторові Ющенку.

У свою чергу, 21 липня 2008 року було призначено першого Надзвичайного і Повноважного Посла України при Суверенному Військовому Ордені Госпітальєрів Святого Іоанна Єрусалимського, Родосу і Мальти. Ним стала (за сумісництвом) Надзвичайний і Повноважний Посол України при Святому Престолі Тетяна Іжевська, яка 3 березня 2009 року вручила вірчі грамоти Князеві і Великому Магістру Мальтійського Ордену Фра Метью Фестінгу.

В 2011 р. керівництво Мальтійського Ордену прийняло рішення про відкриття у Києві постійно діючої канцелярії Посольства. Таким чином, 29 лютого 2012 р. Посольство Суверенного Мальтійського Ордену в Україні з резиденцією Посла в Києві офіційно розпочало свою діяльність.

У 2014 р. Послом Мальтійського Ордену в Україні став Антоніо Газзанті Пульєзе ді Котроне, який 11 вересня 2014 р. вручив вірчі грамоти Президентові України Петру Порошенку.

6 червня 2019 року було підписано міжурядову Угоду про співпрацю між Урядом України та Суверенним Мальтійським Орденом, метою якої є визначення загальних рамок та засад співпраці між Кабінетом Міністрів України та Урядом Суверенного Мальтійського Ордену, спрямованих на підтримку медичних, соціальних, освітніх заходів та заходів щодо охорони здоров’я на території України. Угода була ратифікована та набула чинності 27 січня 2021 року.

Візити високого рівня

18 листопада 2010 р. – візит до Великого Магістерства Мальтійського Ордену Заступника Глави Адміністрації Президента України Андрія Гончарука, який зустрівся з дипломатичним радником Великого Канцлера Мальтійського Ордену Послом Леончіні Бартолі.

Цей був перший візит з часу встановлення дипломатичних відносин, який дав можливість обговорити питання розвитку взаємної співпраці та намітити перспективні напрями подальшої взаємодії.

22 червня 2011 р. – візит до Великого Магістерства Мальтійського Ордену Директора Третього територіального департаменту МЗС України Андрія Мельника. Відбулася зустріч з дипломатичним радником Великого Канцлера Мальтійського Ордену Послом Леончіні Бартолі.

19 листопада 2015 року  – дружина Президента України Марина Порошенко відвідала лікарню Мальтійського Ордену Св. Іоанна Хрестителя в Римі.

4-6 квітня 2016 року – офіційний візит Великого Канцлера Мальтійського Ордену Альбрехта фон Бюзелагера в Україну. В рамках візиту відбулися зустрічі на високому рівні з Прем’єр-міністром України Арсенієм Яценюком та заступником Міністра закордонних справ України Вадимом Пристайком, де обговорювалися питання розширення двостороннього співробітництва. Сторони дійшли згоди щодо необхідності підписання Угоди про співпрацю між двома країнами.

8 серпня 2018 – візит до Магістральної Вілли Мальтійського Ордену Міністра закордонних справ України Павла Клімкіна.

20 березня 2022 року – делегація Мальтійського Ордену на чолі з Великим Госпітальє, Домініком Принцом де ла Рошфуко-Монтбель, після зустрічі в Польщі (Краків), перетнула кордон з Україною в пункті пропуску Корчова – Краківець в рамках відвідин медичних та гуманітарних структур Мальтійського Ордену, розташованих в Кросценко (Польща) та Краківці (Україна). У візиті взяли участь Посол Мальтійського Ордену в Польщі, Госпітальє Польської Асоціації Ордену та директор Мальтійської служби допомоги в Польщі.

23 листопада 2022 – Робочий візит до Берегове (Закарпатська область) Великого Госпітальє Мальтійського Ордену Фра Алессандро Де Франчішіс. Метою візиту було ознайомлення з діяльністю Мальтійської служби допомоги та обговорення подальших планів розвитку, зокрема допомогу людям, які постраждали від війни. Окрема увага була приділена питанням логістики, збільшенням потенціалу діяльності Ордену в Україні.

4 березня 2023 – Робочий візит до Львова Великого Госпітальє Мальтійського Ордену Фра Алессандро Де Франчішіс. Відбулася зустріч з командою Мальтійської служби допомоги, в ході якої обговорено ситуацію в Україні та діяльність Служби, зокрема питання надання психологічної допомоги переселенцям та людям, які постраждали через війну, роботу прихистків для переселенців, надання допомоги на звільнених територіях.

27 квітня 2023 – Візит Прем’єр-міністра України Дениса Шмигаля до Мальтйського Ордену (Магістральна Вілла). Зустріч з Місцеблюстителя Великого Магістра Фра Джоном Данлапом

18 жовтня 2023 – візит ввічливості заступника Міністра закордонних справ України Миколи Точицького до Генерального секретаря у закордонних справах Мальтійського Ордену Посла Джанпаоло Кантіні.